内设处室：综合处、规划计划处、政策法规处、调度管理处、财务处

综合处主要职责

负责行政、文秘、机要、保密、信访、安全、档案等日常工作；负责人事、劳资、退休人员管理、干部培训工作；承担党群、纪检和监察有关工作；负责国际合作与交流的组织工作；负责网络管理、宣传和政务信息工作；负责固定资产采购与管理有关工作；组织开展内部审计和内部规章制度建设；组织办理全国人大建议和全国政协提案；负责对局内重要工作事项的督办；承办局领导交办的其他事项。

规划计划处主要职责

负责研究提出南水北调工程前期工作计划；组织编制南水北调工程前期工作任务书以及项目建议书、可行性研究报告，参与项目成果的审查；组织开展南水北调前期工作中重大问题的专题研究工作；协助组织对南水北调相关规划和专题研究成果的审查；指导南水北调配套工程前期有关工作；承担部规划计划司委托的建设项目立项和前期工作项目管理的相关工作；组织开展利用水利基本建设投资项目前期工作计划的编报工作，归口负责项目管理工作和水利统计工作；承办局领导交办的其他事项。

政策法规处主要职责

组织拟订南水北调运行管理立法规划、计划及有关政策、法规草案；承担全国跨流域调水工程相关政策法规的研究起草工作；参与跨流域调水工程相关技术标准与规范的制订与修订工作；参与指导区域大型跨流域调水工程前期工作；指导跨流域和重要区域大型调水工程运行的有关工作；承办局领导交办的其他事项。

调度管理处主要职责

组织开展南水北调运行管理相关重大专题的研究工作；承担组织拟订并实施南水北调年度水量分配、调度计划及应急水量调度预案的具体工作；承担南水北调工程的阶段性评价和运行安全管理工作；协助指导南水北调水源区及工程沿线水量、水质保障工作；参与南水北调水源区及工程沿线水污染防治和突发性水污染事故的处理工作；参与南水北调工程管理和保护范围内以及其他与南水北调工程规划目标相关的防洪及工程建设方案审查工作；参与南水北调工程建设过程中重大设计变更问题的研究或审查；承办局领导交办的其他事项。

财务处主要职责

负责日常财务管理、会计核算和会计监督工作；负责局预算、决算及日常会计报表的编报工作，督促预算执行及管理工作；负责按程序办理水利财政专项资金项目申报工作并监督实施；负责各项经费、资金的拨缴、使用管理及监督工作；负责固定资产的财务管理及监督工作，协助办理政府采购有关事项；协助开展南水北调工程和跨流域调水工程投融资政策、水价政策研究及制订工作；负责税务管理、职工住房改革支出的核定及缴纳工作；负责合同日常管理及会计档案管理工作；协助组织开展内部审计工作；承办局领导交办的其他事项。