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水利部水工程生态效应与生态修复重点实验室依托水利部中国科学院水工程生态研究所。
本实验室以水利工程建设相关的生态与环境问题的基础与应用研究为主攻方向，开展水利工程建设的生态影响的机理和机制的理论研究，以及针对水利事业可持续发展需求开展水域生态修复关键技术的应用基础与应用研究，为实行最严格的水资源管理及国家实施可持续发展战略提供理论与技术支撑。
重点实验室拥有实验室面积2756m、水生态与生物资源研究试验基地（在建，104亩）。现有实验室设备总数110余台（套），设备总值1576万元。
