水利部水资源管理中心由水利部综合事业局下设的水资源管理中心转化而来。
2003年10月，经水利部批准成立水资源管理中心，为水利部综合事业局非独立核算事业单位，设资质与论证处、技术管理处、节水评价处3个处。
2008年增设水生态评价处。
2016年增设地下水与非常规水利用处。
2017年8月，中编办印发《中央编办关于设立水利部水资源管理中心等机构编制调整的批复》，正式批复设立水利部水资源管理中心，为水利部正局级直属事业单位。
2017年10月，根据中央编办批复，水利部批复中心“三定”方案，中心成为水利部直属正局级公益一类事业单位，内设综合与信息处、水资源考核技术处、水资源管理评估处、水资源保护评价处和节约用水促进处共5个处。
