水利部科技主管司局是实验室的归口管理机构。主要职责是制定相关政策办法，对实验室的布局、规模进行总体规划和统筹安排，组织实验室认定和考核评估，多渠道争取项目和经费支持实验室建设。依托单位是实验室建设和运行管理的具体负责单位。主要职责是组建实验室领导班子，提供后勤保障以及经费等配套条件，组织年度考核，解决实验室建设与运行中的有关问题。实验室实行依托单位领导下的主任负责制。设主任一人，副主任若干人。实验室主任应是本领域高水平的学术、学科带头人，具有较强的组织管理和协调能力，年龄一般不超过六十岁，任期为五年。依托单位聘请国内外优秀专家组成学术委员会，审议实验室的目标、任务和研究方向，审议实验室的重大学术活动、年度工作，审批开放研究课题。
