实验室建设按照“自愿申请、专家评议、择优认定、动态管理”的原则，成熟一个，认定一个。实验室认定主要内容包括研究方向和意义、条件建设情况、任务承担及完成情况、成果水平、人才培养和队伍建设、开放程度和管理水平等。水利部组织制订《水利部重点实验室认定指标体系》，包括定性指标和定量指标两部分。认定指标体系、计分规则和实验室认定申请书格式另行制订。 申请实验室认定应具备以下基本条件：

（一）专业领域和研究方向符合水利科技发展规划的重点领域和方向，研究目标明确，研究特色鲜明，能满足当前水利科技工作的实际需求。

（二）具有较高的学术水平和科研能力，具备承担和完成国家和部（省）级重大科研任务的能力。

（三）有学术造诣深、治学严谨、创新思维活跃的学术带头人和知识结构合理、团结合作的科研队伍，有良好的硕士、博士点支撑或培养优秀中青年科技人才的能力。

（四）具有较先进的科研仪器设备和完善的配套设施，管理先进，开放使用，资源共享。

（五）依托单位能为实验室提供后勤保障及相应经费支持等配套条件。

符合以上基本条件的实验室，由依托单位填报实验室认定申请书报部。部科技主管部门组织专家进行资格审查和评审，形成评审意见，经部机构管理部门认可后报部审定，发布认定结果。