可持续发展原则

水功能区划应与区域水资源开发利用规划及经济社会发展规划相结合，并根据水资源的可再生能力和自然环境的可承受能力，以及国家有关保护环境资源的方针政策，使水功能区划能满足经济社会可持续发展需求，促进经济社会和生态的协调发展。

综合分析、统筹兼顾、突出重点的原则

水功能区划应将水系系统作为同一整体考虑，分析河流上下游、左右岸、省界间、市界问、县界间、湖泊水库的不同水域，近、远期社会发展需求对水域保护功能的要求，坚持水资源开发利用与保护并重的原则，统筹兼顾流域、区域水资源综合开发利用和国民经济发展的规划。上游水功能的划分，要考虑保障下游功能要求；支流功能的划分，要考虑保障干流水域的功能要求；当前功能区的划分，不能影响长远功能的开发。水资源不同的开发利用功能要求不同的水质标准，其中以城镇集中饮用水水源地、江河源头、自然保护区、珍贵鱼类保护区、鱼虾产卵场等为优先重点保护对象。水功能区划要优先考虑其达到功能水质保护标准，对于渔业用水、农业用水、工业用水等专业用水实行统筹安排，分别执行专业用水标准。

合理利用水环境容量原则

根据河流、湖泊和水库的水文特征，合理利用水环境容量，保证水功能区划中水质标准的合理性，既充分保护水资源质量，又有效利用环境容量，节省污水处理费用。

结合考虑现状使用功能和超前性原则

水功能区划要以水资源开发利用规划中确定的水资源主导使用功能为主，在人类活动和经济技术的发展对水域未提出新的功能要求之前，应保持现状使用功能。同时，水功能区划要体现社会发展的超前意识，结合未来社会发展需求，引入本领域和相关领域研究的最新成果，要为将来引进高新技术和社会发展需要留有余地。

相似性划分原则

应综合考虑江河、湖泊及水库自然条件、污染现状及使用目标的相似性，并按相似性原则进行功能区的划分。

A 自然条件相似性。自然条件是制约水资源使用目标、使用方式的重要因素之一。水域自然条件不同，利用水资源的方向、方式和程度就有差异，对污染的净化能力也不同，改善环境的方向和措施也有区别，因此自然要素在水域中的数量和质量差异应成为划分水功能区的重要依据。

B 污染现状相似性。由于人类活动方式和程度不同而形成不同的环境特征，造成不同程度的水污染。因此污染现状不同，需要控制水污染的参数不同，水环境的改善途径也不同，所以水质污染现状相似性也是划分水功能区的重要原因之一。

C 使用目标相似性。由于水资源的用途是多方面的，使用目标一致水质要求就相同，水质标准也就一致，在水资源保护的管理方面也易于统一。因此，水域使用目标相似，也是水功能区划的重要原则之一。

水质与水量统一考虑的原则

水质与水量是水资源的两个主要属性。水功能区划的水质功能与水量密切相关，水功能区划时将水质和水量统一考虑，是水资源开发利用与保护辩证统一关系的体现。既要考虑水资源的开发利用对水量的需要，又要考虑对水质的要求。

便于管理，切实可行的原则

水功能区划的方案要切实可行，其分配界限应尽可能地与行政区界线一致，以便于行政管理，使保护和改善水环境的措施能得以贯彻和落实，也便于行政监督管理的实施。同时，必须将水功能区的划分与水域允许纳污、入河排污口的布局及其允许排放量结合起来，真正有利于强化水资源保护的目标管理。

分级与分类相结合的原则

通过水功能区划分在宏观上对流域水资源的保护和利用进行总体控制，协调地区间的用水关系；在整体功能布局确定的前提下，再在重点开发利用水域内详细划分各种用途的功能类别和水域界线，协调行业问的用水关系，建立功能区之问横向的并列关系和纵向的层次体系 。