1957年1月，《水文地质工程地质》在北京创刊。

1959年，中国学者、时任中国科学院院长郭沫若先生为《水文地质工程地质》题写了刊名。

1960年7月，该刊因故停刊。

1966年，《水文地质工程地质》不定期出版两期。

1979年1月，《水文地质工程地质》在两度停刊近20年后正式复刊，并从总第45期起由月刊改为双月刊，页码由48页扩版为62页。

1982年7月，该刊领导单位由国家地质总局水文局和地质出版社划归至地质矿产部水文司。

1983年3月，该刊又划归至地质出版社领导。

1989年12月，《水文地质工程地质》编辑部成建制划归中国水文地质工程地质勘查院。

2001年1月，该刊由原来的62页扩版为78页。

2002年3月，由于主办单位中国水文地质工程勘查院工作性质和名称的改变，《水文地质工程地质》主办单位更名为中国地质环境监测院。

2003年1月，扩版为120页；10月，中国地质环境监测院在机构改革中，将《水文地质工程地质》和《中国地质灾害与防治学报》整合为一个编辑部。

2006年1月，扩版为128页。

2014年12月，该刊成为国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊。