水生态系统中的水生生物，依其环境和生活方式，可分为5个生态类群；①浮游生物。借助水的浮力浮游生活，包括浮游植物和浮游动物两大类，前者如硅藻、绿藻和蓝藻等。后者有原生动物、轮虫、枝角类、桡足类等。②游泳生物。能够自由活动的生物，如鱼类、两栖类、游泳昆虫等。③底栖生物。生长或生活在水底沉积物中，包括底生植物和底栖动物，前者有水生高等植物和着生藻类，后者有环节动物、节肢动物、软体动物等。④周丛生物。生长在水中各种基质（石头、木桩、沉水植物等）表面的生物群，如着生藻类、原生动物和轮虫。⑤漂浮生物。系生活在水体表面的生物，如浮萍、凤眼莲和水生昆虫。
水中的为生物包括细菌、真菌、病毒和放线菌等，分属于上列不同的类群。这类生物数量多，分布广，繁殖快，在水生态系统的物质循环中起着很重要的作用。各种生物在水中分布是长期适应和自然选择的结果。
