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材用：水芫花木材坚硬，不易劈裂而易光滑，常用作工具把柄，也可供制锚、木钉等。
环境：水芫花也作护岸树种。
观赏：自然条件下，水芫花是天然的优良盆景材料，在中国台湾、菲律宾等地是名贵的盆景树。
药用：水芫花的提取物具有抗肿瘤、消炎、抗氧化和抑菌等活性，可用于生物医药中。
科研：水芫花还是具有千屈菜科植物中独特的二型花往，对于研究异型花柱植物的形成和演化具有重要意义。因此，水芫花有重要的保护价值和研究意义。
