对以河流为水源而面临水质性缺水，主要是因为城市生活污水和工业废水的排放引起的。应该说，在所有的天然水体中，河流的自净能力由于流动快、复氧率高、水流更新期短而较其他水体强，但是也受径污比的制约，即受河流的纳污容量的限。通常河流枯水季节径污比在8—10时，河流的自净能力可以承受，但中国大多数被污染的河流冬季的径污比都远远低于此值，沈阳浑河段平均径污比仅2.8，最枯年仅0.38，即排入的污水量超过了河水的径流量的2倍多。河流不仅受污水的污染，同时还受垃圾和工业废弃物的污染、许多河道的城市区段(特别是小城市)几乎都是垃圾弃置场。三峡库区重庆段的沿江垃圾堆放场一段时期曾经达178处，垃圾堆放总量达286万吨。三峡大坝蓄水后这些垃圾淹没在水中，垃圾中的有机污染物将使库区水中的COD上升7个单位，重金属含量也会升高，库区水质将很难达到国家地表水环境质量II类标准。为了确保三峡蓄水后的水环境质量，必需花大力气提前进行清库工作。