根据上述职责，市国土资源局设12个内设机构：
（一）办公室（财务科）
综合协调机关政务工作；负责文电、会务、机要、档案、保密、宣传、保卫等机关日常运转工作；负责国土资源信息系统建设、信息资料公共服务等工作；负责政务公开、政风建设、督查督办等工作；负责局机关财务工作；负责省、市财政拨给的各项事业经费和专项资金的财务管理工作；依法承担国土资源专项收入征管工作；监督管理机关及直属单位国有资产；指导局属单位的财务工作。
（二）规划科（政策法规科）
编制实施国土、土地利用、矿产资源、地质环境等综合规划；组织编制资源调查评价、勘查、开发、整理、复垦等专项规划；依法指导和审核市以下国土规划、土地利用总体规划、矿产资源开发利用与保护规划；组织编制和实施本级地质灾害防治、矿山环境保护等其他专项规划并监督检查；参与审核报国务院、省政府、市政府审批的涉及土地、矿产的相关规划；负责各类建设项目用地预审；参与对城镇总体规划和城镇建设规划的审核和重点建设项目选址的可行性论证。
组织起草地方规范性文件草案；承担局机关规范性文件的合法性审核及行政复议、行政应诉工作；组织开展国土资源法律法规的宣传、培训；联系政务服务中心窗口，协调行政审批事项；负责国土资源行政执法听证，承担征地补偿安置争议有关工作；推进国土资源行业依法行政。
（三）耕地保护科
统一管理和监督城乡土地征收、农用地转用和建设用地置换工作，承办报国务院、省政府审批的各类用地审查和报批工作；组织和指导全市基本农田保护、土地整理、开发复垦工作；组织开展年度耕地保护目标责任考核；监督检查基本农田保护和占用耕地补偿制度落实情况；指导基本农田保护示范区建设。
（四）地籍管理科
拟订地籍管理政策并组织实施；拟订全市土地调查、监测总体方案并组织实施；承担各类土地登记资料整理、共享和汇交管理工作；负责土地确权、登记、争议调处等工作；负责土地登记可查询制度的组织实施工作；指导、检查县（区）地籍管理工作。
（五）土地利用科
负责城乡建设用地和土地市场管理、节约集约用地、建设用地批（供）后管理、土地利用动态监测工作；依法办理国有土地使用权的划拨、出让（招标、拍卖、挂牌）、租赁、作价出资、转让、抵押、交易等业务工作；指导土地利用管理；拟定并实施土地供应、土地价格、土地资产和土地储备管理政策；指导基准地价、标定地价的测评、评估机构评估及收储机构收储工作，开展土地使用权评估结果备案。
（六）土地矿业流转监督科
负责土地、矿业权市场的监督检查工作，探索、创新土地矿业权流转新机制；负责对集体建设用地使用权流转和土地、矿产资源收购储备工作的监督管理；参与国土资源资产经营的监督管理；开展国土资源经济形势分析和综合研究，研究提出全市国土资源供需总量平衡的政策建议；参与宏观经济运行及相关改革政策研究，拟订涉及国土资源的调控政策和措施；承担国土资源综合统计工作。
（七）矿产开发科（地质勘查科）
拟订并组织实施矿产资源开发管理的政策措施；承担矿业权审核、审批登记发证等矿政管理工作；编制实施矿业权设置方案；依法管理矿业权市场；监管矿产资源勘查、开采活动；调处矿业权权属纠纷；组织申请矿产资源调查评价立项；承办地质勘查项目申报和监督实施；参与本辖区勘查项目成果和地质勘查单位资质监管。
（八）矿产储量科（地质环境科）
组织实施矿产资源储量管理办法、标准和规程；负责矿产资源储量评审、登记、统计工作；承担矿产资源储量动态监督管理、矿产资源补偿费征收、矿产地储备、压覆矿产资源管理的事项；承担矿业权评估确认业务和地质资料汇交管理工作；承担组织矿产资源形势分析和研究工作。
组织协调和监督实施地质灾害调查和防治工作；拟订并实施本级地质灾害防治规划；会同有关部门划定地质灾害易发区、危险区，经批准后，发布地质灾害预报；负责地质环境的监督管理和保护地质遗迹；会同有关部门编制矿山地质环境保护规划，负责组织实施矿山地质环境保护的监督管理工作。
（九）测绘管理科
依法负责基础测绘、行政区域界线测绘、地籍测绘和其他重大测绘项目组织实施工作；负责测绘登记工作；指导监督测绘成果质量管理和测绘成果资料汇交；监督管理测绘单位资质和测绘市场；按权限监督管理测绘基准和测量控制系统，指导保护测量标志；依法管理地图市场，协助做好公开发行测绘出版物审查、审核工作；指导并监管地理信息市场建设。
（十）执法监察科
监督检查国家土地资源、矿产资源和测绘法律法规执行情况；拟订土地、矿产、测绘执法监督和违法案件查处的规定并组织实施；依法组织或协助查处土地、矿产资源和测绘违法违规案件；配合国家土地督察局对土地利用和管理情况进行监督检查；负责信访工作。
（十一）纪检监察室
组织实施党纪政纪教育；研究制定本部门预防和治理腐败措施；检查和监督执行党的路线、方针、政策和决议；检查和督促作风和效能建设；承担本系统党风廉政建设责任制贯彻落实的具体工作；按照上级纪委监察部门的有关要求履行职责。
（十二）人事教育科
承办机关、派出机构和直属单位的机构编制、人事管理和教育培训工作；按照干部管理权限承担机关、直属单位及所辖县国土资源局领导班子成员及相当级别干部和后备干部管理的有关工作；承担行业专业技术职称评审有关工作；负责组织机关政治学习、文明创建、双拥和计划生育工作；办理本系统出国（境）人员政审工作；负责局机关离退休人员的服务管理工作；负责机关和直属单位的党群工作；负责国内外科技交流的组织协调工作。
