自然处理系统分为稳定塘系统和土地处理系统。稳定塘系统通过水——水生生物系统（菌藻共生系统和水生生物系统）对污水进行自然处理。土地处理系统利用土壤——微生物——植物系统的陆地生态系统的自我调控机制和对污染物的综合净化功能，对污水进行净化。
污水自然处理系统的净化作用主要是利用土壤浅层表土中的物理作用、化学作用和微生物的生化作用。与常规处理技术相比，前者具有工艺简便、操作管理方便、建设投资和运转成本低的特点。建设投资仅为常规处理技术的1/2—1/3，运转费用仅为常规处理技术的1/2—1/10，可大幅度降低污水处理成本。而且净化效果良好，净化水质可达二级以上处理水平。
