始建于1952年，由当时上海复旦大学农艺化学系、东北农学院土壤肥料系合并而成，2000年被国务院学位办批准按一级学科招生、授予博士学位，2008年被评为辽宁省重点一级学科，同年列入辽宁省学科提升工程的一流学科建设计划，2009年列入辽宁省特色学科建设工程立项学科。
（1）土壤学：1981年被国务院确定为首批具有博士学位授予权学科，1994年开始招收博士后研究员，1993年和1999年先后两次被评为农业部重点学科，2002年被评为辽宁省重点学科，2007年被评为国家重点学科。主要设有土壤物理、土壤肥力与土壤养分管理、土壤地理与土地资源、土壤环境保护与土壤生态和土壤改良与农业节水5个研究方向。
（2）植物营养学：1981年被国务院确定为首批具有硕士学位授予权学科，2000年获得博士学位授予权，2008年被评为辽宁省重点学科，2010年被列入辽宁省“提升学科”重点建设拟冲击国家重点学科。主要设有新型肥料与现代施肥技术、植物营养与土壤肥力、植物营养与农产品安全和养分资源利用4个研究方向。
（3）土地利用与信息技术：2003年经教育部批准备案，自主设置的二级学科。2012年经教育部重新批准备案，更名为土地资源与信息技术。设有土地利用与覆被变化、土地信息技术及应用、土地修复与整治、土地利用规划与景观设计和土地经济与管理5个研究方向。
（4）农业环境保护：前身为2003年国务院学位委员会批准自主设置的农业环境与生态二级学科，具有博士和硕士授予权。2012年该学科更名为农业环境保护。本学科主要科研方向有农业面源污染控制、污染土壤修复与利用和农业生态系统健康与管理。
（5）水资源与农业节水：2003年经教育部批准备案，自主设置的二级学科。设有水资源评价与管理、农田土壤水分管理理论与技术和旱作农业与保护地节水灌溉理论与技术三个研究方向。
环境科学与工程一级学科是在原来的农业环境保护专业、农业生态环境和微生物专业的基础上不断发展壮大而成的学科。2002年获得环境工程硕士学位授予权，2010年获得环境科学硕士学位授予权，2012年获准自主设置环境化学二级学科硕士点，从2011年按一级学科招生。包括污染土壤修复与利用、环境生态建设与农业减灾、水污染控制工程、固体废弃物处理与资源化、环境分析化学、土壤环境化学6个研究方向。
（1）环境工程：本学科2003年获得硕士学位授予权。
（2）环境科学：本学科2010年获得硕士学位授予权。
（3）环境化学：本学科2012年获得硕士学位授予权。
本学科成立于上世纪90年代，从1996年开始招收土地资源管理专业本科生，2003年获得硕士学位授予权，2007被评为沈阳农业大学重点学科。
本学科研究方向包括：土地资源与信息技术、土地利用规划、土地修复与整治和土地经济与房地产经营管理。
1990年获得硕士学位授予权。设有微生物资源、环境微生物、微生物生理与分子遗传三个研究方向。
