分析超速离心技术可以用来研究溶液状态下蛋白与蛋白、蛋白与小分子以及蛋白与核酸之间的相互作用，确定相互作用的结合方式，并测定相互作用系统的结合或解离常数。
例：Andrea 等利用动力学、光谱学（荧光和NMR）、表面等离子体共振，交联反应，凝胶过滤实验，及沉降平衡法技术等多种手段对参与血红素降解的蛋白质之间的相互作用进行了深入的研究。该研究对于理解血红素动态平衡有着至关重要的意义。
组装大分子组分的化学计量知识对于研究其生理学问题是十分重要的。当然，目前有许多用来确定化学计量的方法可供研究人员选择，比如电子显微镜、X射线晶体学、核磁共振光谱学、量热法以及光散射法等，而沉降平衡法因其可以直接获得关于生物大分子复合物的摩尔质量、形状、尺寸等数据结果而越来越受到研究人员的青睐。
例：钙离子通道蛋白（Cav1s和Cav2s）通过调节钙离子的进入参与基因调控、激素释放及突触传递等过程。CaVs受钙离子-钙调蛋白质（Ca2t/CaM）的反馈调节。前人研究表明复合物是以4︰2的形式存在溶液中，因为这些研究中的实验都受柱尺寸的限制，使得检测的相对分子质量范围限制在3~70kD，这就无法鉴别由于分子形状改变导致相对分子质量可能从81kD变成66kD的复合物。
因此，Eun 等利用沉降平衡实验分析，由于该方法与分子形状的改变没有关系，可以直接测量溶液中复合物的相对分子质量。沉降平衡实验结果表明：Ca2 /CaM与Cav1.2PreIQ-IQ复合物在化学计量学上是以2：1的形式形成的复合物，Ca2 /CaM与Cav1.2C-IQ复合物也是以2：1形式存在。而凝胶过滤实验误导了真实的化学计量学结果。
沉降平衡法已成功地用于检测大分子构象的变化。通过测定蛋白质分子的沉降系数及扩散系数，可以分析蛋白质在经修饰后其空间结构有无变化。
例：Song 等将沉降平衡法应用于染色质结构建立及其调控的分子机制的研究中，取得了突出的成果。2100433B
