我国河流污染以有机污染为主，主要污染物是氨氮、生化需氧量、高锰酸盐指数和挥发酚等；湖泊以富营养化为特征，主要污染指标为总磷、总氮、化学需氧量和高猛酸盐指数等；近岸海域主要污染指标为无机氮、活性磷酸盐和重金属。这些因素构成了水环境问题影响范围广，危害严重，治理难度大等特征。

据中国环境状况公报，2003年长江、黄河、珠江、松花江、淮河、海河、辽河七大水系407个重点监测断面中61.9%以上的断面水质为Ⅳ~Ⅴ类和劣Ⅴ类。2004年的状况略有改善，412个重点监测断面中有近58.2%断面水质为Ⅳ~Ⅴ类和劣Ⅴ类。

2016年，长江、黄河、珠江、松花江、淮河、海河、辽河等七大流域和浙闽片河流、西北诸河、西南诸河的1617个国考断面中，Ⅰ类34个，占2.1%；Ⅱ类676个，占41.8%；Ⅲ类441个，占27.3%；Ⅳ类217个，占13.4%；Ⅴ类102个，占6.3%；劣Ⅴ类147个，占9.1%。与2015年相比，Ⅰ类水质断面比例上升0.2个百分点，Ⅱ类上升5.5个百分点，Ⅲ类下降3.5个百分点，Ⅳ类下降1.9个百分点，Ⅴ类上升0.5个百分点，劣Ⅴ类下降0.8个百分点。主要污染指标为化学需氧量、总磷和五日生化需氧量，断面超标率分别为17.6%、15.1%和14.2%。