以防洪、除涝为主，统筹考虑供水、航运和水环境等效益。流域防洪以1954年实际降雨过程作为设计标准，该年最大90d降雨量约相当于50年一遇；各水利分区防洪、排涝一般选用当地20年一遇的短期暴雨作为设计标准。流域供水以1971年实际降雨过程作为设计标准，该年7、8两月(流域用水高峰期)降雨量保证率为94%。
国家计委于1987年批准了该工程体系的总体规划方案。遵照国务院决定，治理太湖工程于1991年冬全面开工建设，预计于2002年基本完成。1999年太湖流域发生了20世纪以来的最大洪水。由于治太骨干工程建设已初具规模，受灾面积有所减少，防洪效益开始发挥。
