2004年，为进一步整合资源，突出优势，明确方向，加强水利防灾减灾研究工作，我院成立了防灾减灾研究所。还设有河口海岸研究所、水工研究所、水资源水环境研究所、科技中心、钱塘江研究中心、岩土工程研究所、自动化信息研究所等科研部门和浙江广川工程咨询有限公司、杭州广川科技有限公司、深圳分院、信息中心、后勤服务公司等科技服务部门；同时设有浙江省水库大坝安全监测中心、浙江省水利水电工程质量监督检验站、浙江省灌溉试验中心站、浙江省水电测试中心、浙江省河海测绘院等机构。这些机构都将为省水利防灾减灾重点实验室的工作开展提供有力的技术支持。

根据主要研究方向，为开展科学实验，重点实验室设立一个学术委员会和办公室、洪涝灾害模拟试验室、工程技术试验室、3S技术试验室等机构。重点实验室设主任1名，专职副主任1名，副主任3名，总工1名。下设机构中，办公室责任部门为院科研生产处，洪涝灾害模拟试验室责任部门为防灾减灾研究所，工程技术试验室责任部门为浙江省水利水电工程质量监督检验站、防灾减灾研究所、岩土工程研究所、浙江广川工程咨询有限公司，3S技术试验室责任部门为自动化信息技术研究所。

实验室现有专业技术人员55人，其中教授、教授级高工14名，高级工程师25名，博士9名培养，省新世纪151人才计划8人。专业技术人员学历以硕、博土研究生为主体，形成高、中、低相结合的学术梯队。实验室人员结构合理，专业配备齐全，能够适应多方面业务工作的需要。