根据上述职责，海口市国土资源局内设9个正科级职能机构：

（一）办公室

负责起草和审核有关综合性文件和重要报告；负责会议组织、秘书事务、信息综合、文电处理、文书档案管理和机要保密工作；负责机关日常行政管理工作，制定机关内部规章制度；负责计划生育、安全保卫等工作；承办人大建议、政协提案；财务管理职能按有关规定执行。

（二）组织人事处 （纪检监察处、机关党委办公室）

负责局机关和所属事业单位机构编制、人事管理、队伍建设、老干部服务和党群、机关工会工作；负责纪检组的日常工作、机关纪检监察工作；协助人事部门做好系统内的专业技术资格（职务）评聘工作。

（三）政策法规处 （信访处）

负责研究提出国土资源发展战略和政策措施；负责拟定本市有关国土资源的地方性法规规章草案；承担本局机关有关规范性文件的合法性审核工作；承担本系统普法教育工作；负责信访工作；负责行政复议、行政诉讼和重大处罚案件的听证等工作。

（四）规划和耕地保护处

负责本市土地利用总体规划、矿产资源规划、基本农田保护规划、土地开发整理复垦规划、地质勘查规划、地质灾害防治规划等编制报批及实施工作；负责圈外建设用地项目预审；负责土地用途管制、建设用地总量及规模的控制；负责基本农田保护、监管；负责农地转用报批工作，拟定农地转用方案、补充耕地方案，牵头组织农地转用方案、补充耕地方案的审查、报批；组织指导耕地开垦、未利用土地开发、土地垦复、土地整理工作；负责耕地占补、土地整理项目的审查、审批及验收工作。

（五）土地征收处

负责全市征地三项补偿费标准的拟定和实施工作，依法组织实施和协调征地工作；牵头做好重点工程、为民办实事项目用地服务，确保重点、惠民工程项目用地需要；指导监督分局的土地征收工作；负责协调和处理土地征收的历史遗留问题，配合有关部门做好被征地农民的社保安置工作。

（六）土地利用处

负责土地计划管理工作；负责圈内建设用地项目预审；负责建设项目供地方案的拟定；负责国有土地使用权的出让（含划拨地补办出让）、划拨、租赁工作，依法办理供地报批手续；负责临时用地审批；负责建设用地出让合同监管；负责农村集体建设用地管理；负责换地权益书核发回收工作；负责改变土地用途的报批工作。

（七）土地市场处

组织实施国有土地使用权招标、拍卖、挂牌出让工作；负责地价管理；负责土地使用权的交易、抵押、出租管理；负责土地评估的确认与备案；负责个人划拨土地入市管理；负责换地权益书流转以及土地市场、地价的动态监测、监管工作；负责组织协调土地有形市场的管理工作。

（八）地籍管理处 （测绘管理办公室）

组织实施土地资源现状调查和地籍调查、变更调查及土地统计工作；负责土地确权、城乡地籍和土地登记发证工作；承担土地权属纠纷的调处；负责城乡地籍测绘成果的验收审查；承担各类土地登记资料的整理、共享和汇交管理；负责制订全市测绘事业发展规划和计划，依法组织和管理基础测绘，依法管理测绘市场。

（九）矿产资源管理处(海口火山群国家地质公园管理处)

负责矿产资源勘查、开发利用和保护工作；负责矿业市场建设和开发工作，承担矿业权的出让、转让、登记发证工作；负责矿业权招标、拍卖和挂牌工作；负责建筑用砂、石、粘土等资源的储量及开发利用的管理；负责矿业权评估备案与确认；调处采矿权争议；负责地质勘查行业管理；负责对具有重要价值的地质景观、古生物化石产地，地质剖面等地质遗迹的保护工作；负责建设用地地质灾害危险性评估审核及地质灾害的治理；负责海口火山群国家地质公园的监督管理工作。