海域环境影响评价是指对规划和建没项目实施后可能造成的环境影响进行分析、预测和评估，提出预防或者减轻不良影响的对策和措施，进行跟踪监测的活动。

海域使用论证与环境影响评价制度是关系较为密切的两项制度，但两者并不相同，区别有以下几点：

(1)两者的侧重点不同 环境影响评价制度主要考虑建设工程对环境的影响及其不良影响的消除，主要针对的是环境要素的评价；而海域使用论证制度主要考虑的是用海项目是否能够以对周边其他资源以及对海洋环境造成最小影响的方式实现资源的最大价值，主要针对的是海洋资源要素的论证。

(2)两者的法源依据不同，海洋环境影响评价的法律依据是《环境保护法》《海洋环境保护法》《环境影响评价法》等法律，而海域使用论证的主要法律依据是《海域使用管理法》。

(3)两者对海洋功能区划的依赖程度不同。海域的使用必须符合海洋功能区划，海洋功能区划是海域使用的论证的主要的编制依据。而海洋环境影响评价虽然需要依据海洋功能区划编制，但是其直接依据是环境质量标准和污染物排放标准。对于海洋环境无影响的用海项目尤需进行海洋环境影响评价，直接进行海域使用论证。而对于海域环境有影响的项目，《海洋环境保护法》规定了四种情况需要进行环境影响评价，分别是：①引进海洋动植物物种(第25条)；②新建、改建、扩建海水养殖场(第28条)；③入海排污口位置的选择(第30条)；④海岸工程建没(第43条)。《环境影响评价法》将需要进行海洋环境影响评价的项目扩大到全部对海洋环境有影响的项目。在中华人民共和国管辖的海域内建设对环境有影响的项目应当进行环境影评价。

尽管二者并不相同，但由于部分内容(环境影响方面)有一定程度的重合．以及工作程序有一定的相似之处，所以，行政主管部门完全可以将二者的审批程序合并，以节省行政资源。现行法律为二者合并审批提供了便利条件，通常情况下，环境影响评价报告的审批单位是环境保护行政主管部门，但是海洋工程建没项目环境影响评价报告书是由海洋行政主管部门审批。海洋环境影响评价报告和海域使用论证报告的评审机构都是海洋行政主管部们审批，所以将二者合并审批并不存在管理体系上的障碍。实践中，已经有海洋行政主管部门将二者合并的例子。