2008年07月08日 协会注册成立；

2018年02月01日，协会被评估等级为3A；

2018年，协会组建了洁净专家顾问委员会。协会聘请了多名国内外知名专家学者、资深的工程技术人员，为会员企业提供专业技术培训和业务咨询服务，不断提升行业技术水平。洁净专家顾问委员会专家有：中国洁净行业泰斗、洁净标准制定者、中国建筑科学研究院研究员许钟麟教授；

2020年 联合深职院共同开启全国首批“洁净工程”专业大专班。深圳市洁净行业协会从2018年开始，历经一年多的时间，走访、听取会员企业心声，与多所高校交流沟通，最终与深圳职业技术学院合作首个洁净工程专业课程获得省教育局的批准，并携手深圳职业技术学院联合培养洁净产业现代学徒制高职人才。与深职院联合开办的2019现代学徒制洁净工程专业的大专班已于2020年6月12日正式开班，学生全部来自我会会员企业，结束了洁净产业规模大却无专业学科人才的历史，开启中国洁净产业三年制大专教育的新纪元，我会也已成为深职院产学研用基地，实习基地。目前第一年的文化基础课已经通过远程视频APP正常上课，学生出勤率90%，疫情当下，也阻止不了莘莘学子的求学热情和上进的脚步。

2020年9月 由深圳市洁净行业协会发布，深圳市华剑建设集团股份有限公司主编的首个社会团体标准《装配式洁净手术室技术规程》于2018年6月召开首次标准研讨会，经过近两年的编制，以中国建筑科学研究院研究员许钟麟为主任委员，南方医科大学南方医院副院长、高级工程师张树军为副主任委员，以及来自国内知名医院、高校、科研机构、设计、施工、设备材料供应商共13位评审专家委员会评审专家一致同意通过该规程的评审，并经许钟麟主任委员确认后，由深圳市洁净行业协会发布，并委托中国标准出版社进行印刷、出版。

2020年11月 为了加速制定装配式病原微生物实验室相关社团标准，填补该领域相关标准的空白，进一步增强疫病防控能力，提升公共卫生科研、医疗洁净空间与病原微生物实验室规划建设攻关能力，11月27日，协会常务副会长单位——深圳市华剑建设集团股份有限公司举办“装配式病原微生物实验室建筑技术规程”社团标准立项及大纲研讨会，国内生物安全实验室大咖云集深圳，共商《装配式病原微生物实验室建筑技术规程》编制之策。