工业工程系旨在培养肩负使命、追求卓越、既懂工程技术又掌握管理科学知识的高素质人才。学生要掌握扎实的数理基础理论，具有良好的外语和计算机能力以及宽广的工程技术、企业管理、人文社科等方面的基本知识，并具备分析、规划、设计、管理和运行复杂生产系统和服务系统的能力，全面发展与个性发展相结合，成为具备健全人格、宽厚基础、创新思维、全球视野和社会责任感的新一代学术和管理精英。
工业工程系在人才培养方面富有特色，积极开展改革创新，2007年获得Institute of Industrial Engineering (IIE)首次设立的Innovations in Curriculum Award，2014年获得国家高等教育教学成果一等奖。
工业工程系招生的本科专业为“工业工程专业”，可授予工学学士学位。研究生专业一级学科为“管理科学与工程”，可授予工学博士和工学硕士学位，设有多个国际培养项目和辅修项目。工业工程系还培养工程管理硕士和工程博士（专业学位）。统计学研究中心培养统计学理学博士。
宽广坚实的知识是教育的基础，创新思维和动手实践能力是培养的目标，佐之于责任意识和全球视野，让人才如虎添翼。从入学到就业全环节的质量保证体系保证培养的成效。
开放式办学：工业工程系参照国际一流的标准，建立与世界一流大学接轨的工业工程学科和教育体系。开放式的办学模式是工业工程系办学的鲜明特色：
每大约5年一次的国际评估，确保国际水准的教学与科研体系。
所有的专业课程采用国外优秀的英文教材，并实行以英文为主的双语教学。
引进先进的工程教育理念，强调以创新性教学为载体培养学生的工程素质。
国际化的师资队伍。
国际化的学习环境：每年招收60余名外国留学生（其中硕士50余名，本科生约10名）来系学习；自2001年开始，与多所大学开展联合培养硕士项目；与国外高校合作开设暑期本科课程。
重视实践教育：工业工程是来自于实践的工程学科，培养学生的实践能力十分重要。工业工程系从本科生专业基础课开始，强调面向真实的实践环境，培养学生发现问题、解决问题的能力：
建立物流系统实验室、生产工程与系统仿真实验室、人因工程实验室和数字化模范工厂，为学生开设系列化的综合性、创新型、开放式专业课程实验。
专业课程普遍采用专题项目 (Project) 训练。
大三暑期的企业实习。组织学生到制造业、物流业、服务业、IT业、金融证券业、医疗业等企业实习，了解企业运行现状，针对其难点和问题，提出可行的解决方案，付诸实施并监测绩效。企业实习是学生实践能力培养和创造性发挥的重要平台。
以培养综合应用专业知识进行系统设计与规划能力为目标的高年级课程设计。
以培养学术研究和解决问题能力为目标的综合论文训练。
