水利系的学科布局覆盖水利工程一级学科的全部二级学科（水文学及水资源、水力学及河流动力学、水工结构工程、水利水电工程、港口海岸与近海工程）以及归属于土木工程一级学科的岩土工程学科和归属于管理科学与工程一级学科的工程项目管理学科，其中水工结构工程、水力学及河流动力学两个二级学科是全国重点学科，各学科方向均具有硕士和博士学位授予权，还设有水利工程博士后流动站。水利工程一级学科在教育部组织的一级学科评估中综合排名全国第一。系内设有水文水资源研究所、河流与生态研究所、水力学研究所、河川枢纽与建设管理研究所、岩土工程研究所五个研究机构，还是水沙科学及水利水电工程国家重点实验室的依托单位。全系现有教职工111人，其中中国科学院和中国工程院院士6人，教授36人（包括国家杰出青年基金获得者6人、水利部青年科技英才奖获得者2人、教育部优秀青年教师奖/新世纪优秀人材奖获得者3人、清华大学百人计划特聘教授5人，清华大学学术新人奖获得者6人、博士生导师29人），副教授28人。此外，还聘有11位院士和6位国内外著名专家为本系兼职教授。

水利系致力于培养高层次的专业型人才和高素质的复合型人才。在校本科生约340人，硕士研究生约140人，博士研究生约150人。课堂教学效果多年来在校内名列前茅，《水力学》课程是国家级精品课，《土力学》课程是北京市精品课，《紧密结合重大水利工程建设、培养具有创新能力的高层次人才》获2001年国家教学成果一等奖。毕业生中人才辈出，其中包括中国科学院院士5人，中国工程院院士11人，国家级设计大师5人，党和国家杰出领导人胡锦涛同志是本系1965届系友。