水利系始终坚持研究型大学的办学思路，积极开展高水平的科学研究工作。研究成果先后获得国家自然科学奖3项、国家科技进步奖20余项，省部级科技成果一等奖和二等奖共计近百项。有4篇博士论文被评为全国优秀博士论文。以河流研究所中青年教师为主体的研究团队被国家自然科学基金委员会评选为优秀创新群体。水利系还特别注重紧密结合国家重大水利工程建设开展研究工作，自50年代受周恩来总理的委托主持设计当时华北地区最大的水利枢纽工程－密云水库以来，参与了包括世界最大规模的水利枢纽工程－三峡工程、世界最大规模的调水工程－南水北调工程等国内几乎所有的重大水利水电工程的关键技术攻关。近十多年来，又根据新的社会发展时期中国水问题所面临的重大需求，加强了对水灾害、水资源、水环境、水生态和水管理的研究，取得了丰硕的研究成果。水利系还十分重视国际交流，与美国、加拿大、俄罗斯、英国、德国、挪威、瑞典、奥地利、澳大利亚、日本和韩国等国家的大学和科研机构保持着长期的合作与交流。