研究所：

水环境保护教研所

饮用水安全教研所

地下水与土壤环境教研所

大气污染与控制教研所

固体废物污染控制与资源化教研所

给水排水工程教研所

核环境工程教研所（筹）

环境化学教研所

环境生物学教研所

生态学教研所

环境系统分析教研所

环境管理与政策教研所

水质与水生态研究中心

UNEP中心：

联合国环境规划署巴塞尔公约亚洲太平洋地区培训和技术转让区域中心

联合国环境规划署斯德哥尔摩公约亚太地区能力建设与技术转让中心

政府批建科研机构：

环境模拟与污染控制国家重点实验室

新能源与环境国际研发中心

烟气多污染物控制技术与装备国家工程实验室

国家环境保护技术管理与评估工程技术中心

国家环境保护微生物利用与安全控制重点实验室

北京市集中生物燃气利用工程技术研究中心

国家环境保护大气复合污染来源与控制重点实验室

新兴有机污染物控制北京市重点实验室

环境前沿技术北京实验室

国家环境保护生态工业重点实验室（参加）

大气颗粒物检测技术北京市重点实验室（参加）

室内空气质量评价与控制北京市重点实验室（参加）

自主设立科研机构

清华大学环境科学与工程研究院

清华大学持久性有机污染物研究中心

清华大学战略环境评价研究中心

清华大学亚太水安全研究中心

清华大学生态文明研究中心

清华大学环境与健康传感技术研究中心

清华大学水质与水生态研究中心

联合共建科研机构

清华大学-丰田研究中心

清华大学-江苏盐城环科城烟气污染减排技术联合研究中心

清华大学-昆明滇池高原湖泊联合研究中心

清华大学（环境学院）-北京本农环保科技集团有限公司有机物讲解与资源化生物技术联合研究中心

清华大学（环境学院）-中节能天融科技有限公司环境污染溯源与管控联合研究中心

清华大学（环境学院）-中持水务股份有限公司中小城市环境绿色基础设施联合研究中心

环境学院校地合作平台

清华苏州环境创新研究院

烟气多污染物控制技术与装备国家工程实验室（盐城）

空地一体化环境感知与只能响应研究平台（北京“环境脑工程”）

深圳高等环境研究中心（筹建中）