清华大学电机工程与应用电子技术系拥有一级学科“电气工程”下属的全部五个二级学科：电力系统及其自动化、高电压与绝缘技术、电机与电器、电工理论与新技术、电力电子与电力传动。五个二级学科均各自首批获得硕士和博士学位授予权，前四个在1989年和2002年均被评为全国重点学科。
1996年，该系成为国家首批一级学科博士学位授权的试点单位。在2003年电气工程一级学科评估中，该系电气工程学科不仅整体水平获得全国第一，并在学术队伍、科研成果、人才培养、学术声誉所有四个单项中均名列全国第一。2006年该系电气工程学科又以满分100分的成绩获得一级学科评估全国第一。
该系拥有“电力系统与发电设备控制与仿真”国家重点实验室。该实验室在2003年的评估中被评为优秀。
