根据上述职责，市水利局设7个内设机构。

（一）办公室。负责机关文秘、会务、机要、档案等日常工作；承担信息、宣传、保密、保卫、信访、政务公开、新闻发布工作。负责机关和直属单位的机构编制、人事管理、劳动工资、教育培训、党群、计划生育等工作；负责机关离退休干部工作，指导直属单位的离退休干部工作。

（二）规划计划科。拟订全市水利发展战略规划，组织编制水利综合规划、专业规划和专项规划；负责组织水利建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计的编制、审查申报工作；组织拟订全市中长期水供求计划；承担水工程建设项目合规性审查工作；负责市管及县区建设项目设计的审批；负责全市水利综合统计和分析工作；按照有关规定，组织开展对外水利经济技术合作交流；组织实施水利技术引进和技术推广工作。

（三）水政水资源科（行政审批服务科）。拟订全市水利法制建设规划和有关规章制度并监督实施；负责全市水政监察、水行政执法和涉水违法事件的查处工作；承担水事纠纷协调工作；指导水利普法教育工作；承办机关行政诉讼、行政复议和行政赔偿工作；组织实施水资源取水许可、水资源有偿使用、水资源论证等制度；组织水资源调查、评价和监测工作；指导水量分配、水功能区划和水资源调度工作并监督实施；组织编制水资源保护规划；指导饮用水水源保护、城市供水的水源规划、城市污水处理回用等非传统水资源开发工作；核定水域纳污能力，审查入河排污口的设置，提出限制排污总量的意见；指导全市计划用水和节约用水工作；承办局行政审批服务事项。

（四）财务科。负责部门预决算的编制和执行；承担机关财务管理工作；指导直属单位的财务管理工作；指导全市水利资金监管和水利价格、收费工作；负责直属单位国有资产监管和会计事务管理工作；负责移民安置工作的财务、资金管理和监督；负责内部审计工作。

（五）建设管理与安全监督科。指导全市水利工程建设、质量和水利建设市场的监督管理；负责水利工程建设项目的开工审核报批工作；监督实施水利行业规范；拟订全市水利工程建设和管理制度；组织市重点水利工程建设和验收；负责水利工程建设与运行管理；负责水利设施、水域及其岸线的管理和保护；指导河流、湖泊、水库的治理和开发；组织实施河道管理范围内工程建设方案审查；负责河道采砂管理；指导水域的综合治理、开发利用以及水利旅游和水利行业供水工作；承担水利行业安全生产工作；组织实施水利工程安全监督；指导农村水能资源开发工作；承担全市水土流失综合防治工作；组织编制水土保持规划并监督实施；组织水土流失监测、预报并公告；对有关法律、法规的执行情况实施监督；审查开发建设项目水土保持方案并监督实施。

（六）农村水利科。组织协调全市农田水利基本建设，指导农村饮水安全、排水、节水灌溉及雨洪资源利用等工程建设与管理；负责全市水井凿井管理工作；指导农村水利社会化服务体系建设。

（七）移民安置办公室。落实国家、省移民工作政策规定；统筹协调移民安置工作；编制移民安置规划、计划；负责移民安置区社会经济状况调查分析；负责移民投资项目管理工作；组织移民按计划搬迁；组织实施后期生产扶持工作。