近年来，中国政府把“三河”(淮河、辽河、海河)、“三湖”(太湖、滇池、巢湖)、国家重点工程（三峡工程、南水北调工程）、“两控区”(二氧化硫控制区和酸雨控制区)、“一市”（北京市）、“一海”（渤海）作为全国污染防治的重点地区，取得明显成效。

重点流域水污染防治

“三河”、“三湖”流域面积达81万平方公里，跨越全国14个省（市） ，居住人口3.6亿。国家制定并实施重点流域“九五”、“十五”（2001—2005年）水污染防治计划，实行污染物总量控制制度，将总量削减指标落实到排污单位，逐步完善排污许可证管理方式，并建设了一批重点治理工程项目。截至2005年底，列入重点流域水污染防治“十五”计划的2130个项目中，已完成1378项，占项目总数的65%。“三河”、“三湖”流域已经建成和正在建设的污水处理厂达416个，日处理能力2093万吨；流域内的5000多家重点污染企业，已有80%以上实现了达标排放。流域水污染物大幅度削减，水环境恶化趋势基本得到控制，一些河段和湖体水质有明显的改善。国家投入181.67亿元人民币在三峡库区及其上游建设了一批城镇污水、垃圾处理设施，清理了库底固体废物，确保库区水质安全。

“两控区”污染防治

1998年中国政府批准划定了酸雨控制区和二氧化硫控制区，涉及27个省、自治区、直辖市的175个城市、地区，总面积约为109万平方公里。国家在“两控区”内进行能源结构调整，推广清洁燃料和低硫煤，大中城市禁止民用炉灶燃用散煤。与1998年相比，2005年二氧化硫控制区内二氧化硫年均浓度达标城市比例由32.8%增加到45.2%；2005年酸雨控制区内二氧化硫年均浓度超过国家三级标准的城市比例由15.7%下降到4.5%。

北京市大气污染治理

自1998年以来，北京市连续实施了大气污染控制措施。天然气、电采暖、地源热泵、建筑节能等清洁能源利用技术和节能技术进一步推广，到2005年，北京市天然气用量达到32亿立方米，城市热网集中供热面积超过1亿平方米；严格机动车排放管理，对在用机动车实施了环保标志管理，对高排放黄标车采取限行措施，并淘汰老旧机动车30多万辆，发展天然气公交车2800辆，2005年提前实施了国家第三阶段排放标准（相当于欧洲三号标准）；修订完善了施工现场环境保护标准，加大建筑工地管理，加强对道路机械清扫、冲刷和喷雾压尘工作的监督检查，并对市区100多家污染企业实施关停搬迁，全市水泥立窑生产线全部关停。经过积极治理，北京市大气环境质量二级和好于二级的天数从1998年的100天增加到2005年的234天，各种大气污染物浓度普遍下降，空气质量明显改善。

渤海污染治理

2001年中国政府批复《渤海碧海行动计划》。截至2005年底，已完成各类渤海污染治理环境保护工程项目166个，在建项目70个，投资达175亿元人民币，其中新建城市污水处理厂44个，形成污水日处理能力355.3万吨，新建城市垃圾处理场18个，形成垃圾日处理能力7000多吨，新建生态农业、生态养殖项目89个，新建船舶港口和溢油反应项目9项，初步遏制了渤海海域环境继续恶化的趋势。