中国是一个农业大国，农村人口占绝大多数。为了防治农业环境污染、改善农村环境是中国环境保护的重要任务。
近年来，中国政府在广大农村地区开展环境优美乡镇、生态文明村等创建活动，推动农村环境综合整治。全国有178个乡镇获得“全国环境优美乡镇”称号。国家重点在“三湖”地区和长江三角洲、珠江三角洲、黄河三角洲地区，开展畜禽渔养殖污染、面源污染的综合防治示范。一些省市加大村庄环境整治力度，完善农村基础设施，在农村生活污水、垃圾和农业面源污染治理方面取得了一定进展。近年来，国家兴建各类农村饮水工程80多万处，解决了6700多万农村人口的饮水困难和不安全问题。开展全国土壤污染调查和污染防治示范，建立农产品安全检测和监管体系；加强农药和化肥环境安全管理，推广高效、低毒和低残留化学农药，禁止在蔬菜、水果、粮食、茶叶和中药材生产中使用高毒、高残留农药；防止不合理使用化肥、农药、农膜和污灌带来的面源污染，保证农产品安全；开发生产新型安全优质高效饲料，提高饲料吸收利用率，减少养殖产品药物残留和有害物质的排放；推广畜禽粪便综合利用和处理技术，鼓励建设养殖业和种植业紧密结合的生态农业工程。
中国政府把生态农业建设作为促进农村经济和生态环境全面协调发展的重要举措。全国生态农业建设县达到400多个，开展示范区建设县市达500多个，其中国家级生态农业县102个，国家级生态示范区233个。近年来，有机食品相关的管理和发展机制不断完善，出台了《有机食品认证管理办法》、《有机食品国家标准》；出台了良好农业规范国家标准和认证实施规则，开展源头治理；开展国家有机食品生产基地创建工作，已命名43个国家级有机食品生产基地，推动有机食品的产业化发展。全国有机认证面积超过300万公顷。
截至2005年，国家投入7亿多元人民币，在水资源匮乏的干旱区、半干旱区建设了460多个旱作节水农业示范基地，综合运用农艺、生物和工程措施及旱作农业技术，充分利用天然降水，提高水资源利用效率和农业生产能力，控制水土流失。国家积极推广保护性耕作，启动了以秸秆覆盖、免耕播种、深松和除草技术为主要内容的保护性耕作项目，重点在环京津区和西北风沙源头区建立了两条保护性耕作带。截至2005年底，共建立示范县100个。
开发与推广农村新能源是保护和改善农村生态环境的重要手段。“十五”期间，国家先后投入35亿元人民币，重点推广以沼气建设为纽带的能源生态模式。到2005年底，全国沼气用户已达1700多万户，年生产沼气65亿立方米。国家大力发展畜禽养殖废弃物沼气工程，已建成2200多处，年处理畜禽粪便6000多万吨；建成生活污水净化沼气池13.7万处，秸秆气化集中供气工程500多处；推广省柴灶1.89亿户，太阳能热水器2850万平方米。同时，还积极推广使用太阳灶、风能、地热等可再生能源。
