根据上述职责，设5个内设机构。

1、办公室

承担局内文电、会务、机要、保密、安全、印章、档案、财务预算、固定资产管理、政务信息与公开、工作计划与总结等综合性事务和综合协调工作；组织拟订环境监察与稽查的政策、法规和规章；指导全国环境监察机构的队伍建设；组织“三同时”监督检查工作；建立企业环境监督员制度。

2、排污收费管理处（简称排收管理处）

拟订排污申报登记、排污收费的政策、法规、规章、制度，并组织实施；建立和管理全国重点污染源数据系统。

3、监察稽查处（简称稽查处）

监督国家环境保护规划的执行；督办重大环境污染违法案件；组织全国环境保护执法检查活动和环境执法稽查；指导环境保护系统环境执法工作；组织实施挂牌督办、限期治理、后督察工作。

4、区域监察处（简称区域处）

组织开展生态环境监察工作和农村环境执法工作；督办重大生态破坏案件；协调解决跨省区域流域环境问题和环境污染纠纷；指导环境保护督查中心环境监察执法相关业务工作。

5、行政执法处罚处（简称处罚处）

组织实施环境行政处罚工作；承担环境违法案件的审查、处理和处罚，并监督行政处罚的执行；组织行政处罚听证工作。