由于环境工程地质学是工程地质学的发展，因此，它必然和工程地质学有许多共同点。这主要表现在环境工程地质学的理论基础，仍然是工程地质学的基本原理和方法。环境工程地质学与工程地质学的区别，主要表现在它的以下五个特点上：
环境工程地质研究的着眼点是在开发、利用地质环境时，注意在较大区域内防止工程地质条件的恶化，保护有利的工程地质环境，或者通过对地质环境的利用和改造，创造出对人类有利的新的地质环境。
工程地质学侧重研究各个具体工程场地的工程地质条件，而环境工程地质学则主要研究人类活动影响下的区域性工程地质环境的变化。
值得指出的是，由于自然地质环境与一定的地质、地理和气候单元相联系，不同地区人类工程－经济活动的类型、组合和特点不同，因此区域性环境工程地质研究在不同地区将有不同的问题和特色。
例如，在农业地区，环境问题涉及土地利用、水土保持、水土资源开发、森林保护与开发以及工业发展而造成的土地退化和污染等。
在城市地区，工业、人口集中，人类工程－经济活动对环境影响很严重。同时，由于环境恶化而造成的灾害，对城市建设造成严重的威胁和损失。例如，香港城市建筑导致大量滑坡；罗马城下火山岩大量洞挖开采造成城市建筑物地基失稳；上海和天津过量提取地下水引起地面沉降；西安地面沉降引起地裂缝等。这些都是城市地区引人注目的环境工程地质问题。
在河谷地区，河流开发的环境工程地质问题，主要与水力资源开发、水利水电工程活动有关。大面积地下水动态变化带来许多问题。这就要求在进行水工建筑物可行性论证的同时，进行多学科的、系统的环境可行性论证，包括水库地震、水位抬高的影响、淹没和移民、森林砍伐、开挖土石的堆存等。从而，使河流开发利用和工程规划方案比较合理。
在山区，地质条件复杂，地质灾害突出。山区开发必须建立在很好的环境工程地质研究的基础上。山城、矿冶、水电、道路、森林维护和采伐、木材加工业的发展，都要求有综合的环境评价。在山区建设中，山坡开挖导致的滑坡、泥石流的大量增加，是一种重要的山区环境工程地质问题。
一方面要全面考虑研究区内多种工程－经济活动对地质环境的综合影响；一方面要广泛应用多学科（包括社会经济学、数学、力学、物理化学、地质学等）的理论和方法，综合研究环境工程地质问题。
研究和总结过去和现在，在人类工程经济活动的影响下地质环境的变化，其目的在于预测未来地质环境的可能变化。要预测其变化趋势，尽力做到在时间上、空间上和强度上进行定量预测。预测的目的在于控制和防御。
为此，要继续揭露与各类工程－经济活动有关的环境工程地质问题的表现形式，研究其发生、发展规律。对已掌握的各种环境工程地质问题，要在继续研究、总结发育规律的基础上，研究其形成机制和预测方法。当其形成机制较为清楚时，要进行定量预测理论和方法的研究。开展系统的环境工程地质观测，将有助于地质环境变化趋势和环境工程地质问题发展趋势的定量预测。
主动提出改造和治理地质环境的各种工程措施和其他措施，使之形成更有利于人类的、良好的地质环境。
