环境行政监督检查虽然不直接影响相对人的实体权利和义务，但它与行政处理决定有密切联系，可能成为行政处理决定的前提，间接影响相对人的实体权利。因此，在环境行政监督检查中，双方必须享有一定程序上的权利和承担一定的义务。
环境行政主体，有权依职权或法律规定进行监督检查，如果相对人拒绝检查或在被检查时弄虚作假的，有权依法进行处罚，如仍不接受，还可以强制执行。但环境行政主体有义务依法办事，在监督检查的方法和程序上依照法律规定实施，同时有为相对人保守商业秘密、技术秘密的义务。
环境相对人有拒绝不合法的监督检查的权利。对于合法的监督检查，有如实反映情况、提供必要的资料、配合监督检查的义务，不得弄虚作假和违抗拒绝检查。
