根据环境行政主体按照法定程序实施环境行政行为的实际，参照学界对行政程序所作的基本分类，我们对环境行政程序作如下基本分类：
1．创制环境行政规范的环境行政程序与实施环境行政规范的环境行政程序
这是根据环境行政程序所适用的对象是创制环境行政规范的环境行政行为，还是实施环境行政规范的环境行政行为(即所谓的抽象环境行政行为与具体环境行政行为)的不同所作的一种分类。所谓创制环境行政规范的环境行政程序，是指为创制环境行政规范的行政行为所应当遵循的行政程序，例如环境行政立法程序、制定环境行政规范性文件的程序等；实施环境行政规范的环境行政程序是指为规范实施环境行政规范的行政行为而设置的行政程序，例如环境行政处罚程序、环境行政许可程序、环境行政强制程序等。对环境行政程序作如此分类的学理基础是环境行政程序所适用的环境行政行为的差异性。
2．内部环境行政程序与外部环境行政程序
这是根据环境行政程序适用的对象是内部环境行政行为还是外部环境行政行为而作的一种分类。所谓内部环境行政程序是指为规范内部环境行政行为而设置的环境行政程序，如环境行政主体公文处理程序、环境行政主体对所属；国家公务员的奖惩任免等人事行政程序、环境行政规章备案程序、环境行政机构设置程序等均属内部环境行政程序。因内部环境行政程序是用于环境行政主体处理内部行政事务、对其所属机构和工作人员实施内部环境行政行为的程序，因而通常不会直接影响社会上的公民、法人和其他组织的合法权益。所谓外部行政程序则是指环境行政主体实施外部环境行政行为时所适用的程序，如环境行政征收程序、环境行政处罚程序、环境行政强制程序等。外部环境行政程序作为规范环境行政主体对外部行政相对人实施环境行政行为的程序，一般会对环境行政相对人的权益产生直接影响。对环境行政程序作这一分类的意义在于，内部环境行政程序与外部环境行政程序各有其范围、特点和作用，在环境行政程序立法和执法过程之中，我们既要重视外部环境行政程序的构建与运用，同时还必须重视内部环境行政程序的构建与运用。因为，对于保护公民、法人和其他组织的合法权益、督促环境行政主体依法行政、合理行政等而言，外部环境行政程序固然不失其重要作用，但内部环境行政程序的存在及其规范化、法制化在某种意义上也可以说是环境行政主体正确行使行政权的基础或条件。如果环境行政主体离开了内部行政程序，就会导致行政失序，影响行政决策的科学性和民主化，影响行政工作人员的合法权益的公正、有效实现及其工作的积极性、主动性，不利于环境行政主体内部的团结与稳定，因而也就难以切实保证环境行政主体对外部环境行政事务实施合理合法的、有效的管理。同时，内部环境行政程序和外部环境行政程序的划分，还有利于在充分认识两类程序的不同特点和规律的基础上，分别相应制定符合内部环境行政行为和外部环境行政行为特点和规律的行政程序，使环境行政程序发挥应有的良好作用。
3．主要环境行政程序与次要环境行政程序
主要环境行政程序和次要环境程序是根据行政程序在实施环境行政行为过程中的地位和作用，亦即环境行政程序对环境行政相对人的合法权益是否具有或者可能具有实质性影响而作的一种分类。主要环境行政程序是在实施环境行政行为过程中发挥重要作用的、不可或缺的程序，是指对环境行政相对人的合法权益具有或者可能具有实质性影响的环境行政程序，如环境行政处罚中的表明身份程序、告知程序、听证程序等。其具有以下两个重要特征：一是这种程序是构成环境行政程序的必经步骤，如果离开了它，整个行政程序就不完整；二是这种程序是否得以履行会直接影响或者有可能影响环境行政相对人的合法权益，并会导致环境行政行为的无效。例如，环境行政主体在作出环境行政处罚行为时，如果没有根据《行政处罚法》等的有关规定履行告知或者听取行政相对人陈述、申辩的程序，不但是对环境行政相对人的知情权、陈述申辩权等合法权利的直接侵犯，而且还有可能侵犯行政相对人的实体权益，在法律后果上还会因此导致环境行政处罚行为的不能成立。所谓次要环境行政程序是指居于次要地位、对环境行政相对人合法权益不具有或者通常不具有实质性影响的环境行政程序。例如，环境行政复议机关超过法定复议期限迟延作出复议决定，一般既不会直接影响环境行政相对人的合法权益，也不会直接导致环境行政复议行为的无效。我们认为，如果环境行政行为违反了主要程序即构成严重的程序违法，在其引致申诉、复议和诉讼后果之后。经审查应依法撤销该行政行为；如果环境行政行为仅仅是违反了次要程序，一般不宜因程序违法而决定或者裁判撤销该行政行为，可以采用责令环境行政主体对程序予以补正，并通过行政、司法建议等方式指出违法之处，追究无正当理由而故意违反次要行政程序的工作人员的行政责任，以督促环境行政主体及其工作人员严格遵循次要程序。对环境行政程序作这一分类有助于人们认识不同行政程序在实施环境行政行为过程中的主次地位和轻重程度，正确区分违反主要程序和次要程序的责任轻重与后果大小，从而为环境行政行为的合法成立和司法审查提供一个更为合理的、可操作性的标准。
4．强制性环境行政程序与任意性环境行政程序
这是根据环境行政程序对环境行政主体约束程度或者环境行政主体对环境行政程序是否必须遵守的不同所作的分类。强制性环境行政程序是指环境行政主体在实施环境行政行为时依法必须履行的程序。例如，环境行政主体在作出依法应当举行听证的环境行政处罚决定时，须告知当事人有举行听证的权利，在当事人要求举行听证时，环境行政主体必须举行听证会。这里的告知程序、听证程序就属于强制性环境行政程序，环境行政主体若违反这些强制性的环境行政程序，将导致行政行为不能成立的后果。所以，对于强制性环境行政程序，环境行政主体在实施行政行为时必须严格遵守，没有自主选择决定是否适用的权力，也没有增加或者减少行政行为步骤、方式、时限的权力，当然也没有颠倒行政行为顺序的权力。所谓任意性程序则是指环境行政主体在实施行政行为时，依法可以自主选择适用的程序。将环境行政程序划分为强制性环境行政程序和任意性环境行政程序的学理基础是行政自由裁量权理论，而其法律意义是违反这两种程序的法律后果不同：违反强制性环境行政程序只发生行政行为合法与否的问题，在行政复议与司法审查中，行政复议机关或者人民法院对违反强制性环境行政程序的行政行为将予以撤销或撤销并责令重作；违反任意性环境行政程序的行政行为，除了合法与否外，还会发生合理与否的问题，在行政复议与司法审查中，行政复议机关或者人民法院对违反任意性环境行政程序的行政行为一般不予以撤销或责令重作，只有在其超出法定选择范围或选择极不合理，对行政自由裁量权构成滥用时，才会对违反任意性环境行政程序的行政；行为予以撤销或撤销并责令重作。
5．事前环境行政程序与事后环境行政程序
这是根据环境行政程序所处的阶段是在行政行为成立之前还是在行政行为成立之后所作的划分。所谓事前环境行政程序是指环境行政行为在形成过程中所应遵循的程序，它始于环境行政行为的开始，终于环境行政行为的做出。如环境行政立法过程中所进行的听证程序，环境行政处罚过程中的调查取证程序以及调查之前的表明身份程序等。所谓事后环境行政程序则是对已经做出的环境行政行为进行事后复查或者补救等的程序，如环境行政行为做出之后的行政复议程序等。在严格的意义上，事后环境行政程序一般并不是受事先环境行政程序规制的环境行政行为本身的程序，而是对按照事先程序所做出的环境行政行为在事后进行救济等的其他行政行为应当履行的程序。可能是因为事后程序与按照事先程序所做出的行政行为有一定的关系，学者们才对包括环境行政程序在内的行政程序作如此分类。因此，事先程序是每一个环境行政行为都必须履行的程序，而事后程序就不一定是每个环境行政行为都会引发或经历的程序。对于环境行政程序作如此分类的实际意义在于：为了保证环境行政行为的合法有效性，在重视事后程序对环境行政行为的监督和救济作用的同时，更须重视事先程序的重要作用。这是因为，在环境行政程序中事先程序较之于事后程序占有更大的比重，事先程序是所有环境行政行为均应遵循的程序。科学、严格的事先程序，可起到“防患于未然”的作用，使违法或者不当的环境行政行为无从产生。因此，对于保证环境行政行为的合法而言，事先程序是一种积极程序，事后程序则是一种相对消极的程序。良好的事先程序还可以避免或最大可能地减少事后程序，从而保证和提高环境行政效率。
