根据上述职责，市环境保护局设8个内设机构：

（一）办公室。

负责文秘、档案、保密、信息、督查督办、国有资产管理、财务和后勤管理等行政事务；负责党务、纪检监察、人事、劳资、计划生育、社会保险、离退休人员管理、外事、工青妇等工作。

（二）政策法规科。

组织拟订有关法规、规章；承担规范性文件合法性审核；办理人大、政协的议案、建议和提案；负责对环境保护执法监督检查；负责环保法律法规普法工作；负责行政复议、听证和行政应诉、申请法院强制执行工作；参与调查处理环境污染事故和生态破坏事件。

（三）生态保护科。

贯彻和监督实施自然生态环境保护和农村环境保护法规、规章和政策；制定全市自然生态保护规划；负责生态示范建设工作；参与编制自然保护区规划和市级自然保护区评审工作；指导、协调农村生态环境保护监督管理。

（四）环境规划与科技标准科。

承担环保模范城市的日常工作；组织编制环境功能区划；组织编制环境状况公报；参与制定国民经济与社会发展规划、国土整治规划和生态环境建设规划；审核城市总体规划中的环境保护内容；组织实施环境保护强制清洁生产；组织拟订地方环境标准并组织实施；组织协调环境保护科学研究和技术引进，管理环保科技成果。

（五）环境影响评价管理科。

负责审批建设项目环境影响评价文件；对报送国家、省审批的建设项目环评进行初审；依法组织审查由市政府审批的有关规划的环境影响评价文件；负责建设项目试生产和试运行环保核准。

（六）污染控制科。

负责大气、水体、噪声污染防治工作；组织实施限期治理、达标排放等环境管理制度；负责环境统计工作、江河水综合整治、治污保洁工程、建设项目环境保护竣工验收等；会同有关部门管理环境保护专项资金。

（七）总量减排科。

负责制定全市主要污染物排放总量控制措施和对策；组织有关单位编制总量控制计划并实施，负责主要污染物总量减排核查工作；承担省政府对市政府及市政府对各区（经济功能区）总量控制与污染减排目标考核工作，负责主要污染物排放总量统计分析工作；负责制定排污许可证管理制度。

（八）宣传教育与交流合作科（市环境信息中心）。

负责环境保护的合作与交流；负责本市环境信息管理工作；负责制定并组织实施环境宣传教育计划；负责全市环保系统在职干部的环保业务培训，承办环境保护的社会表彰工作。