根据上述职责，瑞金市城乡规划建设局内设5个职能科（室）。

（一）办公室

负责机关政务工作的组织协调、文电处理和对外联络工作；负责保密、保卫和会议的组织协调；负责机关财务、后勤、人事、机构编制、工资管理、计划生育管理工作；负责人秘、文件等起草、印发；负责人大建议、政协提案处理以及来信来访的督查督办工作；督查督办领导交办的各项工作；负责干部职工教育、培训和考核管理工作。

（二）规划行政审批科

负责指导全市城乡规划编制工作，组织规划技术及专家委员评审工作；负责组织城市总体规划、中心城区城市规划和城市设计的编制工作；负责中心城区详规及各类规划建筑方案的审查工作；审查重大项目的选址工作；负责全市城乡规划设计管理工作。负责城市规划区域内各类建筑、市政工程、村（居）民建房、城市雕塑的规划审批工作；参与规划竣工验收，并核发《选址意见书》、《建设用地规划许可证》、《建设工程规划许可证》。

（三）村镇规划建设管理科

负责全市乡镇总体规划、详细规划及各类建设项目规划方案的审查报批、指导村镇规划建设和建设项目的管理工作；指导村镇建设综合开发，负责各乡镇村镇规划建设管理目标任务的管理考核；负责乡镇各类建设项目的规划竣工验收并核发《乡村建设规划许可证》。

（四）建筑管理科

负责对全市建筑业实行行业管理；指导建筑业体制改革，推动企事业转换经营机制；培育建筑劳务、技术、材料设备市场；拟定规范建筑市场各方主体市场行为的规章制度以及指导工程招标投标、质量监督、建筑施工安全、施工合同管理，工程定额与造价管理工作；负责建设监理，质量检测、建设工程勘察、设计、工程施工质量管理工作；负责建筑施工、建筑安装、建筑装饰、建筑制品等施工企业资级报批工作，并实施监督管理；组织协调建筑企业参与对外工程承包和劳务合作；负责审核办理《建设工程施工许可证》。

（五）市政管理科

负责指导和监督管理全市建筑、供水、污水处理和燃气行业的安全生产工作；负责全市供电、供水、通讯、电视等管线设施规划审查、综合协调与管理工作；负责全市市政公用设施的施工与监督管理，并参与竣工验收工作；综合协调与汇总全市市政公用设施建设单位的建设投资情况。

纪检组（监察室）。为市纪委（市监察局）的派驻机构。