生态农业规划的第一目标是持续发展，第二目标是资源的高效利用，社会的发达昌盛，系统关系的和谐稳定。换言之其综合目标就是要求经济、社会、生态三种效益达到最佳状态。只有制定出一套科学、系统、完整、实用的综合规划并加以实施，才能使我国农业逐步走上实现经济效益、生态效益和社会效益共同提高的农业可持续发展道路，将传统农业、常规农业纳入农业可持续发展的轨道，从而有力地推动生态农业在我国的发展。因此，规划的有效实施要依据这个目标进行。即人El数量达到更合适规模，人们对农副产品，劳动就业环境等多方面能充分满足、资金积累达到最大，价值达到较佳状态，自然资源得到全面合理利用和保护。只有各方面和谐发展了，才能满足不断扩大的各种自然资源的需求。
实现生态农业规划目标，必须遵循发展生态农业的要求制定生态农业规划。因为我国的生态农业遵循发达国家在提出生态农业时所坚持的发展农村经济必须与环境保护相协调的原则和生态原理，摒弃了西方生态农业主张不用农药、化肥、机械等外部投入的非集约化农业技术路线的那种回归自然的倒退做法tl坚持增加科技含量，合理投入，实施集约农业产业工程化的技术路线。同时要求农业生产者通过各种技术对该生态系统进行直接调控，而政府工作人员要积极调配人力、物力、资金等社会资源进行宏观调控。
