目前生态功能区划的主要方法包括地理相关法、空间叠置法、主导标志法、景观分类法以及定量分析法等。
运用各种专业地图、文献资料和统计资料对区域各种生态要素之间的关系进行相关分析后进行区划。该方法要求将所选定的各种资料、图件等统一标注或转绘在具有坐标网格的工作底图上，然后进行相关分析，按相关紧密程度编制综合性的生态要素组合图，并在此基础上进行不同等级的区域划分或合并。
以各个区划要素或各个部门的综合区划，包括水文地质区划、地形地貌区划、土壤区划、植被区划、水土流失区划、地震灾害区划、综合自然区划、生态敏感性区划、生态服务功能区划等图件为基础，通过空间叠置，以相重合的界限或平均位置作为新区划的界限。在实际应用中，该方法多与地理相关法结合使用。随着地理信息系统技术的发展，空间叠置分析得到越来越广泛的应用。
主导标志法是在生态功能区划时，通过综合分析确定并选取反映生态环境功能地域分异的主导因素的标志或指标，作为划分区域界限的依据。同一等级的区域单位按照这个主导标志或指标划分。用主导标志或指标划分区界时，还需用其他生态要素和指标对区界进行必要的订正。
应用景观生态学的原理，编制景观类型图，在此基础上按照景观类型的空间分布及其组合，在不同尺度上划分景观区域。不同的景观区域其生态要素的组合、生态过程及人类干扰是有差别的，因而反映着不同的生态环境特征。景观既是一个类型，又是最小的分区单元，以景观图为基础，按一定的原则逐级合并，可进行生态功能区划。
针对以定性为主的专家集成法在生态功能区划中存在的一些主观性、不够精确等缺陷，近年来数学分析的方法和手段逐步被引入到生态功能区划中，包括主成分分析、聚类分析、相关分析、对应分析、逐步判别分析等一系列方法均在区划工作中得到广泛应用 。2100433B
