生态环境影响预测包括三方面的分析：影响因素(如建设项目)分析，即工程影响因素分析；生态环境受体分析，即受影响对象的确定；生态影响效应的分析，即发生了什么问题。后两个问题往往因生态系统类型的不同而不同。

自然生态系统的影响可概括为整体性影响和敏感性影响两大主要问题，并有自然资源影响乃至区域和流域性影响等问题。

生态整体性影响可从区域或流域、景观生态、生态系统或生物群落等不同的层次作分析。应用景观生态学方法作分析时，主要回答的问题是：对生态环境起控制作用的自然生态体系(生态系统或群落)稳定性如何、其生物总量增加还是减少、其第一性生产力是增加还是削弱。换句话说，其恢复稳定性(一般以植被生物量度量)是否增加，其阻抗稳定性(如物种多样性、景观多样性、连通性与面积等)是否增加等。

应用传统生态学方法作分析时，需要回答：系统是否毁灭或生态环境是否严重恶化，系统是否可正向演替或自然恢复，生物多样性(主要是生境多样性和物种多样性)是否减少。在做生态系统因子层次的影响分析时，还会涉及是否影响关键性生态因子，如生态系统建群生物和生态系统限制性因子等。有无替代或可否恢复也是经常分析的问题。

生态环境敏感性问题常是影响预测的重点。这类敏感保护目标(或重点保护对象)有的是法定的，有的是科学评价认定的，还有来自社会或局部地域的。有的法定保护目标也需作科学评定，例如很多自然遗迹(地质学的、地理学的等)因其内容复杂，法规难以一一列举，对其重要性的认识也有较大差距，都需在评价中科学地认识。

自然资源影响问题，有的有法律规定，如基本农田保护区，有的有规划，也纳入保护中。环评中最需作影响分析的是那些地域性特产、稀缺资源以及不可恢复性资源，如景观资源等。区域或流域内存在的生态环境问题，如水土流失、沙漠化、自然灾害等，也都是影响分析的重要内容。任何开发建设活动，都不应加剧这类问题。生态环境脆弱性的分析，有时是十分重要的。