生态系统是类型和结构多样性高、地域性特别强的复杂系统，其影响变化包括内在本质(整体性)变化和外在表征(环境功能)的变化，既有数量变化问题，也有质量变化问题，并且存在着由量变到质变的发展变化规律(累积性影响)，因而其评价标准体系不仅复杂，而且因地而异。一般包括以下几方面。

(1) 国家和地方规定的环境质量标准。如《农田灌溉水质标准》(GB 5804—92)、《保护农作物的大气污染物最高如许浓度》(GB 9137—88)等。

(2) 行业规范。即行业发布的环境评价规范、规定、设计要求和其他技术文件。

(3) 地方环境规划。主要是地方政府规划的环境功能区及其目标指标，如河流功能区划、区域绿化指标、水土流失防治要求等。

(4) 背景或本底值。以项目所在的区域生态环境背景值或本底值作为评价参考标准，考察开发建设项目进行前后的变化。如区域土壤背景值、区域植被覆盖率。

(5) 类比对象。以未受人类较大干扰的相似生态系统或以相似自然条件下的原生自然生态系统作类比参考对象，如原始森林的生物量等。

(6) 科学研究已阐明的生态影响阈值。如生物对污染物的耐受量、区域生态安全保障的绿化覆盖率、区境生态承载力、区域人口承载力等，作为评价中的参考。

生态环境影响评价以评价其环境服务功能为主，因而所有能反映生态环境表征生态因子状态的指标值，如生物质生产量等，都可以直接用于判别标准。大量反映生态系统结构和运行状态的指标，需借助一些相关关系转换为能反映生态环境功能的指标，如植被覆盖率可直接用于生态环境质量的判别标准，也可用其计算含水资源的功能。