生态税收体系主要目的是保护环境和治理污染，同时又要兼顾经济发展。因此，首先要严格遵循污染者支付的原则，使税负与污染程度相匹配，设计科学、合理的税种和税率，使其外部成本内部化；其次要坚持可持续发展的原则，保护环境和治理污染不能限制发展，要协调好环保和增长之间的关系，要兼顾长期利益和短期效益，不以牺牲经济发展来保护环境，要坚持创新，走生态发展的道路，逐步增强竞争力和综合实力；最后要保持税负合理中性原则。构建生态税收体系不能偏离税收职能，要考虑纳税人的税收负担，不能超越发展阶段而冒进设计税制要素，尽量减少税制效率损失和对经济的干扰。
