研制和开发新型的色谱填料仍是HIC 发展的技术核心。从疏水色谱填料的基质来看, 填料包括无机和有机填料两种。

无机填料: 无机填料中, 硅胶在HIC 应用较广泛, 其优点是机械性能好, 孔结构和表面积易于控制, 并有较好的化学稳定性。但硅胶的pH 值应用范围较窄( 2. 0~ 8. 0) , 且硅胶表面上的硅羟基可对蛋白质产生不可逆吸附。另外, 硅羟基的解离可使填料具有阳离子交换性质, 使分离产生混合机理。

近年来, 多用高分子涂层硅胶填料替代单纯硅胶填料。这种填料选用合适的聚合物、寡聚物或单体, 在硅胶表面形成致密的聚合物涂层, 使其既具有高聚物的化学稳定性, 又具有硅胶基质的高机械强度。

有机填料: 在有机物填料中, 多聚糖( 如琼脂糖) 最常用, 它具有表面基团丰富、pH 使用范围较宽及与生物大分子良好的相容性等优点, 但其机械强度不能用于高压疏水色谱。另外, 在与配基偶联时,常需剧毒CNBr 活化, 且工艺较复杂。近年来, 有学者尝试用壳聚糖为基质研制疏水色谱填料, 并成功用于A-淀粉酶、鸡卵类黏蛋白的分离纯化。疏水色谱填料配基的一个重要特征是具有弱疏水性, 与蛋白质作用温和, 从而能保证蛋白质的生物活性不丧失。疏水色谱填料配基密度较低, 碳链长度一般在C-Cs 之间。烷基、苯基是常用的HIC 填料配基。如果结合力过强, 蛋白质难以洗脱, 需用一些高离液序列盐类(Chaotropic salt) 或有机溶剂洗脱,但此时蛋白质易丧失生物学活性 。