过去的企业经营中，由于知识对于企业经营的贡献难以显现，再加上企业缺乏能够正视企业知识的机制。因此企业知识的价值就被明显地忽略了。但知识在企业资源中扮演的角色逐渐加重，这样企业知识管理也就成为知识经济时代对企业的基本要求。不过企业进行知识管理还刚刚起步，自然会遇到各种各样的困难需要克服：
1、知识管理过程的不完整性
通常几个步骤以后就结束了，实际上是一个割裂的过程，没有反映知识的动态管理特征，缺少反馈创新环节。因此，应当根据环境变化来调整企业知识管理，使企业知识能更好地反映环境的变化，从而使企业知识的管理成一种螺旋形上升的过程。
2、观念的转变
许多企业一直按传统的体制进行运作，严重地阻碍了企业员工的创造性、积极性，懒于向外学习，也害怕将企业内部活动暴露给外界客户、竞争对手，这就很难发挥企业知识创新的巨大力量。
3、知识产权保护还需要作出努力
由于要发挥知识共享来实现知识的扩散、转移，这样不可避免会出现溢出效应(spill―overefect)，一些知识形产品刚出来就被盗版，秘密给拿走，致使许多企业害怕将知识公开交流。缺乏应有的保护措施，使企业知识管理大打折扣，从而给知识管理带来了很大的打击。
4、融资方面由于建立企业知识的动态管理系统一次性投入较高，风险比较大，而且如果系统不成熟，企业往往要花费比前一次投入大得多的代价来修复或进行系统升级，属于高风险型投资，这样企业进行融资也就很困难，知识管理也就很难实际性的开展。
5、具体操作方面，操之过急
知识管理是一种长效管理，而不应该把知识管理看作一种一次性的工作，一劳永逸的工作，知识管理应是一个长期、动态的发展过程，知识管理应着眼于企业的未来繁荣和发展。
6、缺乏协作
知识管理不是企业某部门的单独活动，它需要企业各部门的全力协作。但受传统观念的影响，人们在考虑问题时，容易把该职能集中于某一部门，缺乏协作，从而使企业知识管理的各阶段产生失误和偏差，结果使知识管理建设流于形式。
7、缺乏专业信息技术人才
使以计算机应用为平台的知识管理单靠企业自身力量有时很难完成。虽然人们已经意识到，知识是企业获得竞争优势的一个重要因素，围绕如何开发、共享、利用、衡量和创新知识，以便为客户、员工和企业经营者创造更多的价值，而展开的企业知识管理活动已经成为全球企业经济的热点。但由于缺乏专业信息技术人才，从而使得知识动态管理有名无实 。
