1959年11月1日，新疆军区生产建设兵团农学院在石河子成立。
1960年，新疆生产建设兵团农学院农田水利专业开始招生。
1976年，原新疆军区生产建设兵团农学院更名为奎屯农学院，由伊犁哈萨克自治州领导。
1979年，新疆军区生产建设兵团奎屯农学院更名为石河子农学院，为农牧渔业部直属高校。
1996年，兵团高校结构调整，石河子农学院与石河子医学院、兵团师范专科学校、兵团经济专科学校合并成立石河子大学。
2001年4月，石河子大学院系结构调整，由石河子大学工学院土木建筑工程系正式更名为石河子大学水利建筑工程学院。
