地下水污染具有隐蔽性和难以难以治理性，一旦被污染，其治理和修复具有极大的难度，工艺复杂，费用昂贵，很难完全治理。故对于地下水污染治理，预防是主要的，其次才是对污染的治理。地下水硝酸盐污染的来源主要有两种类型，点源污染和面源污染。废水排放，通过河道渗漏污染地下水，城市化粪池，污水管的泄漏以及禽畜粪便的雨水淋溶等。这类污染具有点源污染特征。主要是农业面源污染，农业上的精细耕作造成的过多氮肥的使用和其利用率不高，造成农耕区地下水硝酸盐食量严重超标。
控制污染源控制污染源是防止地下水污染的关键，所以针对污染源可以制定相应的防治政策。实行水污染物排放许可制度，严格要求工业和生活污水污染物排放总量不超过允许排放量。应通过减少工业废水、生活污水的排放量，选择科学的施肥和科学的田间管理模式等措施来降低饮用水水源中的硝酸盐含量。调整产业结构，树立可持续发展的城市建设思想，建立与水资源特征配套的产业布局。在城市地区还可改良城市下水道，减少城市生活污水通过下水道渗漏的可能，雨污分流等。不准向地下水排放工业废水和生活污水以及其它污染物，禁止污水就地排放，严禁利用渗井、渗坑直接排污。对位于水源一级保护区以内，硝酸盐污染风险高的地区进行重点防治。对污水进行处理，使之达到灌溉甩水标准后排放。既增加了灌溉水量。又可防止对土壤和地下水的污染，对垃圾填埋场的淋滤液进行回收处理，防止其污染地下水等等。通过相应的政策来切断或减少污染源，防止地下水进一步受硝酸盐的污染。
减少农用氮肥流失是硝酸盐污染治理的工作重点之一。严格控制施肥总量，采用科学施肥方式，深施覆土，大力发展多养分的优化配方、施肥新技术，逐步改善化肥结构，改变目前氮、磷、钾比例失调以及化肥中多为单营养元素的状况，提倡使用复合肥，使氮肥利用率最大限度地提高。合理选择氮肥，提高氮肥利用率：因此，施用时必须根据作物种类、土壤性质等情况选择理想的氮肥品种，以提高肥料利用率。改良现有化肥，使用控释/缓释肥料。采用先进灌溉技术，减少氮肥流失；采用先进的喷灌、滴灌、雾灌、暗灌技术，改浇水为浇作物。大大减轻了对环境的污染。
水行政主管部门应根据(中华人民共和国水法)的有关规定划定地下水的超采区和禁止取水区。严格地下水取水许可审批手续，使地下水的取用有章可循，防止源区地质环境进一步恶化。地下水资源因其埋藏条件的特殊性，一旦遭受污染，很难在较短的时间内恢复到以前的水质状况，因此一方面要加强对工业三废中的废水、废渣和城市污水排放的管理；另一方面要加强对地下水水质的监测。控制污染源的同时对已污染的地下水进行治理，即污染控制和治理同步进行。尤其是对于局部区域堆存或坑埋的垃圾点，以及污水存蓄、利用、输排等，要设置必要的监测设施，防止有害、有毒物质发生渗漏，污染地下水水质。采取有效的技术措施，加速地下水的运动，以提高地下水的自净能力。另外，使地下水环境监测和保护工作更好地发挥其服务经济建设和保护环境、生态的作用。 2100433B
