福州大学土木工程学院前身为土木建筑工程系，成立于1958年。改革开放以来，土建系各项事业都有了很大的发展。1998年8月，福州大学以土建系为主成立土木建筑工程学院，2005年成立建筑学院后，更名为土木工程学院。 学院现设有建筑工程系、道路与桥梁工程系、水利水电与港口工程系、市政工程系、交通运输工程系、工程管理系、轨道与地下工程系等7个系，有土木工程、水利水电工程、交通工程、交通运输、给水排水工程、工程管理、港口航道与海岸工程等7个本科专业，以及结构工程研究所、桥梁与隧道工程研究所、岩土工程研究所、海西可持续工程结构与多灾害防治协同创新中心、可持续与创新桥梁福建省高校工程研究中心、土木工程防震减灾信息化国家地方联合工程研究中心、先进土木工程材料研究中心等科研机构。

土木工程学院设有土木建筑设计研究院、土木工程建设监理有限公司和技术开发部等科技开发单位，承担了大量的建筑规划、设计以及道路和桥梁的勘测设计、监理等任务，为把我院的科学研究成果转化为生产力、为高校服务社会发挥着重要的作用，为海峡西岸经济区建设和区域经济建设做出了积极的贡献。