省交通厅机关设10个职能处（室）：办公室、政策法规处、计划处、建设处、财务处（车辆购置附加费征收管理办公室）、科技教育处、运输管理安全监督处、公路路政管理处、审计处、人事处，以及机关党委、纪检组（监察室）和公路运输、海员工会、治理公路"三乱"办公室，73行政编制名。全省9个设区市设1个交通委（厦门）、8个交通局，各县（市、区）设交通局。

厅直属企事业单位有15个：省高速公路有限责任公司、福建交通职业技术学院、省公路管理局（省公路稽征局、省公路路政管理局）、省港航管理局（省航道管理局、省地方海事局、省船舶检验处）、省运输管理局、省交通科学技术研究所（省交通经济科技信息中心、福建汽车检测设备计量检定站）、省交通规划设计院、省交通基本建设工程质量监督检测站（省交通建设工程监理站）、省交通工程造价管理站、省交通建设工程监理咨询公司、省交通规划办公室、省交通信息通信中心、《中国交通报》驻福建记者站、省交通厅人才交流服务中心、省交通职工培训中心。其中，省高速公路建设总指挥部与省高速公路有限责任公司合署办公。