福建省农业机械管理局成立于1978年（其前身为福建省农机化办公室），1983年以前为一级局，负责农机生产、销售、科研、培训、修理、管理，实行"六统一"管理。直属单位有省农机研究所、省农机干校、省农机试验鉴定站、省农机公司、省农机进出口公司等。1983年机构改革后，原省农业机械局并入省机械厅，成立省农业机械管理局，为二级机构[闽委(1983)综字346号]。福建省农机局

1993年机构改革后，根据省政府办公厅[闽政办(1995)244号]文，省农机管理局为省机械厅归口管理的正处级行政单位（局机关行政编制22名，事业编制5名），承担全省农业机械化的行业管理职能。

2000年机构改革，原由省机械厅承担的农机行政管理职能交给省农业厅（闽委办[2000]146号），福建省农机管理局同时划归省农业厅领导，设置福建省农业厅农业机械管理局（挂福建省农业机械管理局牌子），核定行政编制12人（含老干编制1人），事业工勤编制2人。领导干部配置局长1人，副局长2人，调研员1人（兼任省农机监理所所长）；局内部机构设综合科、计划财务科、监督管理科、科教质量科。