税务机关进行税务检查，一般采用以下三种方法：

税务查账

税务查账是对纳税人的会计凭证、账簿、会计报表以及银行存款账户等核算资料所反映的纳税情况所进行的检查。这是税务检查中最常用的方法。

实地调查

实地调查是对纳税人账外情况进行的现场调查。

税务稽查

税务稽查是对纳税人的应税货物进行的检查。

税务机关对从事生产、经营的纳税人以前纳税期的纳税情况依法进行税务检查时，发现纳税人有逃避纳税义务行为，并明显的转移，隐匿其纳税的商品、货物以及其他财产或者应纳税的收入迹象的，可以按照《税收征管法》规定的批准权限采取税收保全措施或者强制执行措施。此项规定是2001年《税收征管法》修订新增内容。赋予税务机关在税务检查中依法采取税收保全措施或强制执行措施的权力，有利于加强税收征管，提高税务检查的效力。

税务机关依法进行上述税务检查时，纳税人、扣缴义务人必须接受检查，如实反映情况，提供有关资料，不得拒绝、隐瞒；税务机关有权向有关单位和个人调查纳税人、扣缴义务人和其他当事人与纳税或者代扣代缴、代收代缴税款有关情况，有关部门和个人有义务向税务机关如实提供有关材料及证明材料。税务机关调查税务违法案件时，对与案件有关的情况和资料，可以进行记录、录音、录像、照相和复制。但是，税务人员在进行税务检查时，必须出示税务检查证，并有责任为被检查人保守秘密；未出示税务检查证和税务检查通知书的，纳税人、扣缴义务人及其他当事人有权拒绝检查.