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分子会被集中在一个具有pH梯度的介质中,通过介质的电流将产生带正电荷的氧化极和带负电荷的还原极。带电分子会向相反电荷的一极运动,直到到周围pH值与其等电点相同时带电分子才停止在凝胶中运动。介质中的pH值梯度通常用脂肪族两性离子产生,这些药品需要在样品加入之前加入。