等电位聚焦蛋白质

由于蛋白质同时具有酸性基团和碱性基团，等电位聚焦法常常用于蛋白质的研究。蛋白质将被置于带有pH梯度的聚丙烯酰胺，淀粉或琼脂凝胶中，蛋白质在pH值低于等电点时会带有正电荷，在电场中会向阴极移动。如果蛋白质在一个有递增pH梯度的凝胶中电泳，蛋白质所带电荷会一直减少，直到蛋白质移动到pH值与等电点相同的区域。在此处，蛋白质静电荷为零，因此停止运动。此过程的结果是蛋白质被“聚焦”在pH值和等电点相同的窄带中。等电位聚焦具有极高的分辨率，在一次电泳过程中可将不同的蛋白质分离。其分辨率可以分离等电点差别只有0.01的蛋白质 。

双向凝胶电泳需要首先通过等电位聚焦按照等电点分离蛋白质，然后通过十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳根据分子量分离蛋白质。

等电位聚焦活细胞

有人认为，真核生物活细胞在其内部对于蛋白质进行等电位聚焦，以克服酶和代谢反应的反应物扩散速率限制，并通过等电位聚焦来限制一些生物化学反应速率。