由于结构问题的普遍性、复杂性和长期性，创建结构经济学也将是一项艰巨的工作。根据对结构理论的初步研究，笔者认为，结构经济学的创建应解决如下基本问题:
确定结构经济学的研究对象和方法。一个学科首先要有明确的研究对象，有了研究对象才能确定与之相适应的研究方法。结构经济学的研究对象是经济结构演进的内在规律性。在经济学研究中，结构是一个非常庞大的系统，它以经济结构为主体，同时包含经济与资源环境及社会结构的适应性。经济结构包括两个维度:一是横向的空间结构，包括地区结构、国际结构，在发展中国家，还包括城乡结构等;另一个是纵向的以产业结构为核心的生产价值链，主要是产业结构、投资消费结构和金融结构等。社会再生产过程中的分配结构和流通结构包含在上述横向和纵向的经济结构之中。结构经济学研究强调经济发展中的非均衡和结构转换，因此边际分析的一般方法已不再适应，应吸收一切有用的研究方法，包括统计分析方法、制度分析方法、博弈分析方法和计量模型法等，来服务于结构经济问题的研究。
明确结构经济学研究的目标。经济结构包含众多子系统，不仅涉及经济结构变量，还涉及人口、生态、资源和环境等诸多因素，整个系统具有层次性、耦合性、非线性、开放性、不确定性及动态性的特点。经济结构问题的本质是一个长期发展问题，需要以资源合理优化配置为目标，最终实现可持续发展。可持续发展是经济、资源环境和社会三种体系相互作用的结果，它强调经济效率、社会公正、消除贫困、环境协调等多种目标的有机统一。另外，结构经济学关注经济增长与环境的关系， 强调代际公平，反对对自然的剥夺和环境的破坏，遏制从贫困的生态不平衡到富裕的不平衡。这也是结构经济学与传统经济学最重要的区别之一。
在扬弃的基础上进行理论的整合和创新。结构经济学的产生与古典经济学、发展经济学、制度经济学等有着密切关系，但决非简单地拼凑，需要在继承和批判中构建一门独立的新学科。这种理论创新是一个艰苦的过程，表现在三个方面:一是规范结构经济学的基本概念和范畴，这是学科建设的基础；二是确定结构经济学的理论假设，它和新古典经济学的理论假设具有较大的区别;三是构建核心理论。总的来说，结构经济学需要回答两个基本问题:1、经济结构是如何演进的，如何实现从低级到高级的转换；2、经济结构演进过程中为什么会出现失衡，失衡之后应如何矫正。与之对应，结构经济学要构建的两个基本理论就是经济结构演进理论和经济结构失衡理论。
不可否认，中国是最大的发展中国家，是开创结构经济学最肥沃的土地，在当前中国经济结构失衡的情形下，更需要从学科建设的高度系统地分析和研究这一失衡的普遍性和特殊性。我们要运用马克思主义的立场、观点和方法，从中国实际出发，创建中国分析视角下的结构经济学体系。
